L'école est organisée en trois départements thématiques, chaque département fait partie d'un laboratoire de recherche. Chacun des trois départements dispose d'une collection thématique :

Département Mécanique au sein de l'IRDL, Institut de Recherche Dupuy de Lôme, UMR CNRS 6027 depuis 2016 ; au sein du LBMS jusqu'en 2015.

Département Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication (Lab-STICC, UMR CNRS 6285)

Département Sciences Humaines et Sociales (Foap, EA 7529 - collection dans HAL)